由内蒙古师范大学牵头，联合中国科学院化学所光化学重点实验室，内蒙古锡林郭勒盟行政公署、中科合成油等单位，于2016年成立的“内蒙古水环境安全协同创新中心”紧扣国家和自治区发展思路，联合国内外相关单位，汇集和培养一批本研究领域的优秀创新人才，促进多学科交叉、协调发展，提高人才培养质量，针对内蒙古水环境问题进行研究，解决内蒙古水资源领域中的一系列重大理论问题及技术难题，为内蒙古水环境合理开发、水环境保护和社会可持续发展提供科技支撑和决策依据。
“内蒙古水环境安全协同创新中心”坚持产、学、研、用，相结合的制度，充分发挥主导和参与单位的综合效应，打破区域和行业界限，构建“大学－科研院所－企事业单位－地方政府－农牧户”的协同创新模式。创建后与中科院光化学重点实验室、中科合成内蒙古有限公司、内蒙古自治区水利科学院、水利部牧区水利科学研究所、内蒙古和信园蒙草抗旱绿化股份有限公司、金河生物科技股份有限公司、锡林郭勒盟行署、二连浩特市自来水公司等相关单位协作开展内蒙古水资源领域中的一系列工作，也为我校化学、生物、地理的相关学科联合发展提供了新的平台。
“内蒙古水环境安全协同创新中心”主要瞄准干旱区水资源短缺的突出问题，开展（典型湖泊）多尺度的水资源研究，理解其演变过程、时空格局和机理机制，为我区水资源的合理利用和保护提供基础数据；通过地表水和地下水水质监测，确定污染物种类、程度和污染源，开展典型地区水污染的净化处理，探讨重复利用水资源提供技术支持；依托科研院所优势学科和科研团队，结合地方政府寻找政策和项目支持，开展农牧区饮用水安全示范基地建设，从而支撑和引领内蒙古乃至蒙古国的水利工作，并在全国率先形成有一定规模和影响力的科研团队、示范中心和产业基地。
“内蒙古自治区水环境安全协同创新培育中心”成立以来，科研创新、人才培养和服务社会能力明显增强。运行三年来，共发表学术论文47篇，其中SCI收录论文20篇，影响因子最高为8.586，研究成果被Chemical Reviews引用；获授权发明专利10项；获内蒙古自治区2016年度自然科学奖1项；培养硕士研究生50名左右。2019年度自治区协同创新中心认定结果开始公示。2019年我校“内蒙古水环境安全协同创新中心”入选区域发展协同创新中心，全区共10个。