环境科学系创办于2003年，是在水化学研究所及化学专业的基础上组建而成，是区内较早从事环境科学教学与科研的单位之一。目前，拥有教职工13余人，其中教授、副教授6余人。国家自然科学基金，国家基础发展规划研究项目（973项目），内蒙古自然科学基金，内蒙古高等学校科学技术研究项目，内蒙古人才开发基金项目，内蒙古科技厅，内蒙古教育厅项目以及国际合作项目。国外及国家级核心期刊上共发表论文近200余篇，并有多篇被《SCI》、《EI》、《CA》等权威刊物收录。到目前为止，共培养硕士生16名。课题内容涉及自治区面临的环境问题、与经济建设和社会发展密切联系；本学科获得奖励包括教育部自然科学奖励，自治区高等教育科学研究优秀成果奖; 内蒙古自治区科学技术奖等。自2000年以来累计出版教材专著3部，获得国家及省部级以上奖励多项。拥有环境科学硕士点。《环境学》被评为校级精品课；《环境教育与教学研究教学成果》获内蒙古师范大学教学成果二等奖。形成了从本科生、硕士研究生完整的培养体系。《环境学》双语教学研究等多项教学研究项目。环境科学系自创建以来，为环境保护和教育事业培养了优秀人才，这些毕业生分布于全国各地的科研、教学单位及各级政府有关部门，其中不少已成为所在单位的科研业务及行政管理骨干，有的已成为年轻的学科带头人。
环境科学系目前拥有“环境科学研究所”、“环境科学专业专业实践基地”，并设有环境化学实验室、环境监测实验室、环境工程、环境生物学实验室、环境生态实验室等。迄今，已取得一批达到国内先进水平的科研成果，获国家有关部委及自治区科技奖励。曾多次参加在国内外有重要影响的学术研讨会，已与本学科国内外研究所建立了良好的合作交流关系，如日本、中科院大气物理研究所，中国农业科学院草原研究所等学术团体或机构建立了广泛的学术交流、人才培养和合作研究关系。